Brad Binder batte tutti sulla... linea d'arrivo del turno di prove che chiude la prima giornata di operazioni del Gran Premio del Giappone. Il pilota sudafricano di KTM ritocca il record di Motegi che Jorge Lorenzo aveva stabilito nell'ormai lontano 2015 e precede Francesco Bagnaia che - dopo essere andato oltre i track limits nel finale - solo all'ultimo time attack trova la "quadra" della sua Ducati, chiudendo a soli 29 millesimi dalla vetta, soddisfatto per la propria reazione e per quella del team all'esito negativo del GP d'India. Terzo tempo (e terza moto diversa nel ranking) per Aleix Espargarò con la Aprilia RS-GP ufficiale, staccato di 295 millesimi da Binder. A chiudere la top five della classifica delle "prequalifiche" giapponesi i due rivali del campione in carica nella corsa al titolo: quarto tempo per Jorge Martin (per la cronaca era stato il più veloce nel turno di apertura) a 354 millesimi e Marco Bezzecchi - dominatore del GP dell'India di domenica scorsa - a 456 millesimi. Nella top ten dei piloti che accedono direttamente al Q2 delle qualifiche dal sesto al decimo posto troviamo nell'ordine Fabio Di Giannantonio (Ducati Gresini), Johann Zarco (Ducati Prima Pramac), Maverick Vinales con la seconda Aprilia factory, Pol Espargarò con la GASGAS Tech3 e Jack Miller con la seconda KTM Red Bull. Restano invece fuori sia le Honda HRC di Joan Mir e Marc Marquez che le Yamaha Monster di Fabio Quartararo e Franco Morbidelli.
Per l'ex Cannibale della MotoGP e per il Diablo, il secondo turno di prove include una innocua scivolata (Marc) e una caduta più rovinosa (Fabio) iniziata nel sottopasso che precede la ultima prima del rettilineo dei box. Il francese si rialza infatti dolorante alla caviglia destra dopo il ruzzolone nella ghiaia della via di fuga e chiude con il tredicesimo tempo a un secondo e 13 millesimi dalla vetta. Lo spagnolo (finito a terra alla staccata della prima curva in fondo al rettilineo del traguardo) lo segue con il quattordicesimo a un secondo e 85. Davanti ad entrambi l'altra Honda HRC di Joan Mir, a sua volta preceduto dalla Aprilia RNF di Miguel Oliveira che manca di soli 56 millesimi il passaggio diretto alla fase calda delle qualifiche del sabato.
Tornando in alta classifica, interessante l'alternanza di marchi al vertice, con la KTM di Binder davanti alla Ducati di Bagnaia ed alla Aprilia di Espargarò. Mancano all'appello, appunto, Honda e Yamaha. KTM apre e chiude la top ten grazie al decimo tempo di Miller che prova in Giappone a risollevare una stagione ultimamente parecchio in ribasso. Davanti all'australiano però la GASGAS Tech3 di Pol Espargarò, mentre Augusto Fernandez, compagno di squadra del più piccolo dei fratelli Espargarò chiude solo diciannovesimo (anche a causa di una caduta) una giornata che era iniziata con il secondo tempo alle spalle di Martin nel primo turno di prove libere. Due moto ufficiali nei primi dieci anche per Aprilia, con Vinales ottavo alle spalle di Zarco, mentre Di Giannantonio tiene alta la bandiera Gresini in assenza dell'infortunatoo (in India) Alex Marquez ed è sesto a 458 millesimi dal leader, oltretutto a due soli millesimi da Bezzecchi.
Quindicesimo tempo e pista tutta in salita anche per Morbidelli che precede la wild card Yamaha Cal Crutchlow. Penultimo tempo per Michele Pirro (in sella alla seconda Ducati Lenovo al posto di Enea Bastianini) davanti al rientrante Alex Rins sulla Honda LCR Castrol. Al termine delle prove però il pilota spagnolo, ancora dolorante per i postumi della caduta nella Sprint del Mugello è stato dichiarato unfit e il suo weekend si è chiuso già al termine della prima giornata di prove. Giornata difficile quindi anche per le Honda clienti del team di Lucio Cecchinello, visto che il pilota di casa Takaaki Nakagami ha fatto solo poco meglio poco meglio, piazzandosi diciottesimo davanti allla Aprilia RNF di Raul Fernandez.