Dominio Aprilia nella prequalifica che decide la top ten che va direttamente al Q2 delle qualifiche del Gran Premio dell'Indonesia. Il miglior tempo lo mette a segno Aleix Espargarò che chiude in un minuto, 30 secondi e 474 millesimi (nuovo record di Mandalika) davanti al compagno di squadra Maverick Vinales, staccato di 154 millesimi. Terzo tempo per uno straordinario Marco Bezzecchi (Ducati VR46, +0.170) che, almeno a livello di prestazione pura, non sembra risentire più di tanto dell'infortunio di sabato scorso in allenamento (frattura della clavicola). Brad Binder (KTM Red Bull) e Jorge Martin (Ducati Prima Pramac) chiudono la top five. Sesto tempo per Marc Marquez (Honda HRC, +0.632) davanti a Miguel Oliveira (Aprilia RNF), Fabio Di Giannantonio con la Ducati Gresini superstite dopo il forfait di Alex Marquez alla fine delle FP1, Jack Miller (KTM Red Bull, una caduta per turno, finora...) e Fabio Quartararo con la migliore delle Yamaha Monster Energy ufficiali. Dovrà invece partire dal Q2 Francesco Bagnaia che ha chiuso le prequalifiche con il sedicesimo tempo a un secondo e 161 millesimi dalla vetta a quattro decimi dall'ultimo tempo utile (quello di Quartararo). Nel corso del suo ultimo time attack, il campione in carica ha prima trovato una bandiera gialla alla curva uno (scivolata di Miller, appunto) per poi - dopo essersi rilanciato - finire lungo in curva e dover così abbandonare il giro.
Il primo pilota a restare fuori dall'accesso diretto alle qualifiche di sabato (in programma dalle 04.5o alle 05.30 italiane di sabato) è però Pol Espargarò (GASGAS Tech3) che precede il rientrante Luca Marini (Ducati VR46), uno spento Johann Zarco (Pramac), Raul Fernandez con la seconda Aprilia RNF e Franco Morbidelli che purtroppo rientra nei ranghi dopo l'exploit nelle FP1 della notte italiana (quarto) con la Yamaha ufficiale. Alle spalle dell'italobrasiliano c'è come anticipato Bagnaia, seguito in classifica da Takaaki Nakagami (LCR Honda), Augusto Fernandez (GASAGAS). Per il campione in carica quindi focus sull'imperativo assoluto di superare il primo taglio delle qualifiche per poi sfidare ad pari condizioni il rivale nella corsa al titolo Martin che (ora distante tre soli punti dall'ialiano) mette a sua volta nel mirino l'operazione-sorpasso.
Diciannovesimo tempo per Joan Mir (Honda HRC), scivolato a terra mentre seguiva da vicino Bagnaia nel suo ultimo e sfortunato time attack. Non va oltre il ventesimo tempo l'altro ducatista ufficiale Enea Bastianini, vittima di una caduta nella fase decisiva della prequalifica e alla fine staccato di un secondo e sette decimi dal leader Espargarò. Giornata difficilissima quindi per il team factory di Borgo Panogale. Chiude la classifica l'ancora convalescente Alex Rins (LCR Honda Castrol) che contiene a fatica sotto i due secondi (1.952) il ritardo dal miglior tempo by Aprilia.