Brad Binder e la KTM davanti a tutti a Motegi: il sudafricano mette a segno in un minuto, 43 secondi e 436 millesimi il miglior time attack di fine giornata (giapponese), staccando di 33 millesimi Marc Marquez con la migliore delle Ducati, quella "targata" Gresini. Terzo tempo per il leader del Mondiale Jorge Martin (+0.132) che precede di quindici soli millesimi il connazionale Pedro Acosta con la GasGas Tech3. Enea Bastianini sigla la quinta performance a 169 millesimi dal leader davanti a Maverick Vinales (+0.284). Francesco Bagnaia (autore del miglior tempo nel primo minuto di prove libere) è solo settimo a 318 millesimi di secondo ma il piazzamento... anomalo ha una spiegazione esatta in un errore in curva nel suo "attacco al tempo". Il campione in carica è quindi tranquillamente nella top ten dei piloti che accedono direttamente al Q2 delle qualifiche. Alle sue spalle ce la fanno anche Alex Marquez (Ducati Gresini) e i due clienti ducatisti VR46 Fabio Di Giannantonio e Marco Bezzecchi.
Dovranno invece fare gli straordinari... anticipati del Q1 Jack Miller, undicesimo a 803 millesimi dal compagno di squadra, l'idolo local Takaaki Nakagami, dodicesimo con la migliore delle Honda (+0.822) e Franco Morbidelli, tredicesimo con la Ducati Prima Pramac a 890 millesimi dalla vetta, Resta dalla parte "giusta" del muro del secondo da Binder anche Fabio Quartararo: 965 millesimi il ritardo del campione del mondo della premier class di tre anni fa che precede Aleix Espargaró con la meno efficace delle Aprilia factory.